Έχει συνθέσει έργα για ορχήστρα, για σύνολα, για χορωδία, τραγούδια, σκηνική μουσική, τραγούδια για το «Εδώ Λιλιπούπολη». Συνεργάζεται ως μαέστρος με ευρωπαϊκές ορχήστρες, όπως οι BBC Symphony Orchestra, Academy of St Martin in the Fields κ.ά. Η δισκογραφία του των συμφωνικών έργων του Σκαλκώτα, στην BIS, έχει διεθνείς διακρίσεις. Έχει διατελέσει διευθυντής της Συμφωνικής Ορχήστρας Δήμου Αθηναίων και της Συμφωνικής Ορχήστρας ΕΡΤ. Το έργο «Debussy Πρελούδια σε ενορχήστρωση Ν. Χριστοδούλου» άνοιξε το Φεστιβάλ ΜΙΤΟ το 2016 στη Σκάλα του Μιλάνου (London Symphony Orchestra, G. Noseda). Έχει εκδώσει κείμενα για τους Σκαλκώτα, Μητρόπουλο, Chopin, Σεφέρη (Ο μουσικός Σεφέρης, ΜΙΕΤ).
